Bolnikov urin je bil normalen in okužba ni bila primarni vzrok za fibrozo stene mehurja. Nekateri znanstveniki verjamejo, da je vzrok limfna obstrukcija, ki jo povzroči medenična operacija ali okužba, vendar mnogi bolniki nimajo takšne anamneze. Drugi znanstveniki so predlagali, da je to posledica tromboflebitisa, ki ga spremlja akutna okužba mehurja ali medeničnih organov, ali zaradi dolgotrajnega -krča majhnih arterij, ki ga povzroča duševni stres, in je lahko povezan tudi z endokrinimi dejavniki. Obsežni dokazi kažejo, da je intersticijski cistitis avtoimunska kolagenska bolezen. Vloga mastocitov in aminokislinskih glikozidov na površini mehurja pri intersticijskem cistitisu je pritegnila pozornost in nekateri raziskovalci trenutno izvajajo študije na tem področju.
Bolniki pogosto občutijo dolgotrajno progresivno pogosto uriniranje, nujnost in nokturijo. Bolečina v suprapubičnem predelu je izrazita pri polnem mehurju, včasih se lahko pojavi tudi bolečina v sečnici in perineumu, ki po uriniranju popusti. Občasno se lahko pojavi hematurija, ki je izrazitejša, ko je mehur prenapolnjen in napihnjen. Nekateri bolniki imajo lahko v preteklosti alergijske bolezni.
