Cistoskopija pod anestezijo lahko diagnosticira intersticijski cistitis. Sprva sta videz in prostornina mehurja normalna, po polnjenju, praznjenju in ponovnem polnjenju mehurja pa pogosto opazimo razpršene submukozne krvavitve. Biopsija razkrije patološke spremembe v subepidermalni plasti, vključno z edemom, kongestijo, telangiektazijo in perivaskularno intersticijsko krvavitvijo. Prav tako lahko pomaga izključiti nekatere karcinome in situ in tuberkulozne lezije. Pri lokaliziranem vulvitisu so majhne eritematozne lezije prisotne na lateralnem vestibulumu himena, ostale lezije pa so normalne.
Akutni cistitis se kaže tudi s simptomi draženja mehurja, kot so pogosto uriniranje, nuja in disurija. Vendar pa je terminalna hematurija pogosta in urin vsebuje veliko število belih krvnih celic; urinokultura bo razkrila bakterije. Glandularni cistitis se kaže tudi s simptomi draženja mehurja, kot so pogosto uriniranje, nujnost in disurija. Vendar pa lahko ultrazvočni pregled razkrije zadebelitev sten mehurja ali-prostorne lezije znotraj mehurja. Cistoskopija razkrije papilarne strukture namesto površinskih razjed, biopsija pa lahko potrdi diagnozo. Tuberkuloza mehurja se lahko kaže tudi kot prave razjede, ki pogosto prizadenejo območje okoli ustja sečnice na strani tuberkulozne ledvice. Lahko se pojavi piurija in v urinu najdemo bacile tuberkuloze. Slikanje sečil lahko pokaže značilne spremembe, značilne za ledvično tuberkulozo. Razjede na mehurju, ki jih povzročajo parazitske bolezni, spominjajo na intersticijski cistitis in so na splošno pogostejše pri moških. Diagnozo lahko postavimo na podlagi prisotnosti jajčec parazitov v urinu ali tipičnih patoloških značilnosti mehurja. Nespecifični cistitis se redko pojavi z razjedami na mehurju; v urinu pogosto najdemo gnojne celice in nalezljive bakterije, zdravljenje z antibiotiki pa je učinkovito.
